CPU 散熱器本身沒有正負極之分，但散熱器上的散熱風扇有風向的要求。
對于下吹式、下壓式散熱器，通常不需要特別關注風扇朝向。而對于塔式側吹 CPU 散熱器，安裝時一般要將風扇朝向內存的一方，這樣才能保證熱風直接散出機箱之外。
此外，大多數 CPU 風扇上會有箭頭標識，箭頭指示的是風向，也就是空氣流動的方向。確保箭頭指向 CPU 散熱器的進風口，這樣風就能有效地冷卻處理器。如果不確定，試著開機后聽聲音，順時針轉動風扇看是否有阻力或噪音變化，來判斷風扇的正確方向。
總之，安裝 CPU 散熱器時，需根據散熱器的類型以及風扇上的標識等正確安裝風扇，以確保 CPU 能得到良好的散熱效果。